Geçirgen bağırsak sendromunda uygulanan birkaç çeşit diyet mevcut.

Bunların hepsi temelde bağırsak dokusuna zarar verdiği düşünülen besinleri diyetten çıkarmayı hedefler. Bunun yanı sıra  bağırsak astarını iyileştimek için gerekli olan vitamin ve mineralleri vermek iyi bakteri çeşitliliğini ve sayısını artırmak mide asidini düzenlemek gibi amaçları da vardır. Bu diyetler şunlardır.

-GAPS diyeti 

-Eliminasyon diyeti 

- AIP diyeti (otoimmun protokol)

-Bu programlarda  hangi besinin ne kadar süre ile diyetten çıkarılacağına

- Hangi besinin ne zaman diyete geri ekleneceğine kişinin mevcut hastalıklarına ve şikayetlerine göre karar verilir.